В 1906 году по указу императора Николая II в классификацию судов военного флота был включен новый разряд кораблей — подводные лодки. Этим же указом в состав Российского флота были включены 10 подводных лодок. Первая из них — «Дельфин» — была построена на Балтийском заводе в 1904 году.
Русско-японская война стала первой в мировой истории, в которой принял участие еще официально не признанный, но уже заставивший противника дрогнуть новый класс военных кораблей — подводные лодки.
Первое соединение России — бригада подводных лодок — было сформировано в 1911 году в составе Балтийского флота и базировалось в Либаве. Бригада включала в себя 11 подводных лодок, плавучие базы «Европа» и «Хабаровск».
В первую мировую войну 1914—1918 годах подводные лодки широко применялись для борьбы на морских коммуникациях. А к концу войны подлодки окончательно сформировались в самостоятельный род сил ВМФ, способный решать как тактические, так и некоторые оперативные задачи.
За период с 1930 по 1939 год для флота СССР было построено более 20 больших, 80 средних, 60 малых подводных лодок и 20 подводных минных заградителей. К началу Великой Отечественной войны в составе четырех флотов имелось 212 подводных лодок.
Организационно они сводились в бригады, дивизионы и группы. Управлял ими командующий флотом, боевой и повседневной деятельностью руководил подводный отдел флота. Задачи подлодок и районы их боевых действий определялись военным советом флота.
Переломным этапом в истории советского Морфлота явилось внедрение на подводные лодки в 50 годы ядерных энергетических установок. Благодаря этому они получили практически неограниченную автономность плавания.
Уже к 1961 году российский флот имел 9 атомных лодок — 4 ракетных и 5 торпедных. А всего Советский Союз построил 243 атомные подводные лодки различных классов и, с учетом царской России, свыше 1000 дизельных подводных лодок. Кстати, первая в мире атомная подводная лодка сошла с верфи Гротона (штат Коннектикут) 21 января 1954 года.
Сейчас для ВМФ России создана группировка подводных атомных крейсеров с крылатыми ракетами. В ее составе — подводные лодки проекта 949а, вооруженные 24 ракетами типа «Гранит». Эта группировка способна с высокой эффективностью решать задачи поражения группировок надводных целей, в том числе авианосных соединений.